Осторожно спойлер:
Посередине киносюжета кинофильма «Капернаум» оказывается 12-летний мальчик по имени Зейн. Он живет в бедном районе Бейрута и сталкивается с суровыми реалиями жизни. Зейн ведет длительную борьбу за выживание, сталкиваясь с недугами, неприятностями и безразличием родителей, которые не могут гарантировать ему достойное детство. Однажды он принимает решение сбежать из дома, когда узнает, что его родители собираются выдать его сестру замуж за мужчину, который значительно старше ее. Это событие становится стимулом для его дальнейших действий.
Зейн ищет укрытие и находит его в компании Лейлы, женщины, которая незаконно работает с мигрантами. Она воспитывает своего маленького сына, и между ними начинает завязываться особая связь. Вскоре мальчик начинает осознавать, что мир вокруг него полон несправедливости. Он видит, как новые знакомые сталкиваются с разнообразными трудностями, начиная с нехватки еды и заканчивая опасностями со стороны властей. Зейн решает бороться за права детей, в том числе и свои собственные, что приводит его к решительным действиям.
Параллельно с этим он начинает понимать, что его жизнь становится результатом решений взрослых, которые не учитывают его интересы. Фильм поднимает важные вопросы о праве на жизнь, детстве и ответственности. Зейн старается найти свое место в этом безжалостном мире, и его борьба принимает новые формы. Каждое его решение влечет за собой последствия, и он постепенно осознает, что, чтобы изменить свою судьбу, ему нужно противостоять системе, которая его окружает. Он близок к разгадке, однако цена высока.